Năm 2089 – 80 năm đã trôi qua kể từ Chiến tranh Không gian Tôi đã thay đổi cuộc sống của cả hai chủng tộc người và Zentraedi. Cả hai chủng tộc đang ở trong tình trạng hòa bình trên trái đất khi một cuộc chạy đua người nước ngoài mới gọi là “Marduk” xuất hiện trong Hệ Mặt trời. Trong cuộc chiến đầu tiên giữa U.N. Spacy và đội tàu Marduk, phóng viên tân binh SNN Hibiki Kanzaki phát hiện Ishtar, một “Emulator” làm tăng khả năng chiến đấu của Marduk thông qua ca hát. Hibiki đưa Ishtar lên Trái đất để dạy cho cô những giá trị của cuộc sống và văn hoá. Cùng với phi công Silvie Gena của Valkyrie, Hibiki và Ishtar phải tìm ra cách để cứu Trái đất khỏi sự hủy diệt hoàn toàn dưới bàn tay của nhà lãnh đạo Marduk Ingues.